幕末の動乱による戦禍，明治維新による事実上の東京遷都により，京都は衰退の危機にありました。しかし，町衆をはじめとする明治の先人達は，厳しい状況下にもかかわらず，京都の復興のため，都市基盤の整備や勧業政策など様々な近代化政策を実施しましたが，中でもとりわけ力を入れたのが“教育”でした。我々の先人達は，「まちづくりは人づくりから」の信念により，明治５年の学制公布に先立ち，明治２年に日本で最初の学区制小学校である６４校もの「番組小学校」を開校させました。
　京都市学校歴史博物館は，「番組小学校」をはじめとする京都の教育の伝統と，学校の運営と創設に力を注いだ町衆の情熱を全国に発信するため，京都市の学校に遺された歴史資料（教科書・文献資料・教材・教具等）約１１，０００点，また卒業生などが学校に寄贈した美術工芸品（絵画・書跡・陶磁器・染織等）約２０００点（うち１，５００点は各学校で収蔵）を収集・保存し，展示を行っている施設です。